對船來説跟鐵鏽一樣棘手的，是附著在水面下船身表面的海藻跟籐壺等貝類跟海洋生物。被這些生物附著的船身會變得凹凸不平，讓船身摩擦的阻力增加，進而使船航行的速度降低。

爲了防止水面下的船身污損，會塗上「船底塗料」這種特殊油漆。以前曾經出現在油漆中混入殺死生物的藥劑，來避免生物對船隻造成損害的創意。一直到20年前，混入有機錫的塗料一直被廣爲使用，不過這對環境會造成不良影響，現在已經被禁止。取而代之的，是不會對環境造成傷害的自我研磨型塗料。比方説日本Paint Marine公司所研發的「Ecoflex SPC」會因爲海水而漸漸分解，以此來防止海洋生物的附著。塗上之後時間越久越是光滑，摩擦阻力也越小，相當符合船隻的需求。

船底塗料會隨著時代不斷進化。日本Paint Marine公司將著眼點放在海豚跟鮪魚身上用來降低阻力的表面黏膜，研發出「LF-Sea」這款製品。這種塗料會利用天然水膠捕捉水的性質，讓船底塗料捕捉水分來填補表面的凹凸，形成光滑且低阻力的平面。神戶大學所擁有的練習船隻「深紅丸」在使用這種塗料之後，跟傳統的自我研磨型塗料相比節省4%的能源。表面塗料相當於船隻的化妝品，不只是讓船隻更加美觀，也能保護船隻不受各種損壞之苦。