所有機場都設有「管制中心」，由管制人員來對飛機下達起降的指示，那港口是否有類似的機制呢？在東京、橫濱、名古屋、神戶等大型船隻頻繁進出的港口，會跟機場一樣進行管制，不過並不是像機場一樣分別對每一架飛機下達指令，而是用像紅綠燈一般的訊號機來顯示管制信號。

當I信號閃爍時，船隻可以自由入港，不過出港的船隻會受到限制，在東京灣的場合總噸位500公噸以上的船隻不能出港。O信號閃爍時則是自由出港，入港船隻會受到限制。

F信號亮起時，除了港務局長所指定的船隻之外，所有船舶都無法進出港。如果X信號閃爍的話則代表切換訊號，在這段時間内所有船隻可以自由航行。

那麽，「港務局長」指的是誰呢？日本的港務局長會在「港則法」這條與港口相關的法律之下，由海上保安廳的廳長，從海上保安官之中選出適當的人選來任命。一般來説會由各個港口的海上保安部或海上保安署的最高負責人來擔任。當港務局長搭乘巡視艇在港内進行巡視時，會在船桅掛上「港務局長旗」。

位于橫濱的本牧船舶通行信號所一倂設有展望台，市民可以到信號所學習跟港口信號有關的知識，並且觀摩内部運作的方式。這個與衆不同的設施另外也被稱爲「橫濱港Symbol Tower」。