運河若是在途中有高低差存在，則會設置「船閘」（Lock）來調整船的高低位置。在水池狀的閘室前後設置阻擋水流的水閘，將一邊開啟來讓船隻進入，關閉之後再開啟另一邊的水閘來改變水位，讓船可以上下移動。船閘不會用在運河，水流較大的河川、潮汐落差較大的港口也會設置。

日本國内目前也有幾處還在運作的船閘。大阪的毛馬閘門，用來調整東京流到大阪的淀川與大阪市内水路網的水位差，觀光船與砂石運輸船常常都會用到。名古屋中川運河的松重船閘、愛西市的船頭明船閘，則是著名的歷史性建築。

除了船閘以外可以讓船上下移動的，有使用平板車讓船跟整個水池一起移動的「Incline」，以及像升降機一樣讓船上下的「船舶升降器」（Boat Lift）。

在日本國内，連接琵琶湖與京都市内河川的琵琶湖排水道設置有蹴上Incline，不過現在已經沒有使用，屬於歷史性觀光遺產。

近代性的船舶升降器中較爲有名的，有2002年建設在比利時Centre（中央）運河的「Strepy-Thieu船舶升降器」，可以讓1350噸的船隻上下大約73公尺的距離。同樣是在2002年建設在蘇格蘭Forth and Clyde運河那採用旋轉構造的「佛克耳克轉輪」（Falkirk Wheel）也以那獨特的造型而聞名。