船所使用的引擎分成航行用的推進引擎，跟提供電力用的發動機，兩者分別為「主機」與「補機」（補助性發動機）。主機會直接用來驅動船尾的螺旋槳，讓船隻航行。補助性發動機則是用來驅動發動機，為船内的照明、空調、側推進器馬達等各種設備提供電力。

因爲燃料費用較爲低廉的關係，目前的船隻不論是主機還是補機都會使用柴油引擎。特別是主機使用的大型柴油引擎稱爲「低速柴油引擎」，可以用低到每分鐘100次左右的轉速來運作，這是剛好適合驅動大型螺旋槳的轉速。而且柴油引擎的熱能效率良好，若是加裝高功率的渦輪增壓器，可以的得到50%以上的熱能效率。汽車引擎的熱能效率為20~30%，因此大約是2倍左右。

另外，低速柴油引擎可以使用「C重油」這種低品質的燃料。C重油在低溫時會像柏油一樣處於黏稠狀態，必須用鍋爐的蒸汽加溫之後再送到汽缸内。

柴油引擎分成2行程與4行程兩種類型。低速柴油引擎為2行程，目前研發有8萬千瓦、10萬馬力的高功率型，配備在貨櫃數量1萬個以上的超大型貨輪。該引擎的汽缸直徑約1公尺，並且有14個汽缸倂排，引擎重量高達2300公噸。